Pohjois-Karjalaa luonnehtii metsien, soiden ja vesistöjen suuri määrä. Alueen luontoa rikastuttaa etelän ja pohjoisen kohtaaminen itäisillä mausteilla höystettynä: eteläboreaalinen Järvi-Suomi vaihtuu maakunnan pohjoispuoliskoon siirryttäessä keskiboreaaliseksi metsäkasvillisuusvyöhykkeeksi.
Elinympäristöjen kirjon ja lajistollisen monimuotoisuuden kannalta merkittävä on myös Pohjois-Karjalan läpi kulkeva vaarajakso kallioperään liittyvine erikoispiirteineen. Vaarajakson paikoin kalkkivaikutteinen kallioperä leimaa mm. muutamista itäisistä kasviharvinaisuuksistaan tunnettua Keski-Karjalan lehtokeskusta.
Oma merkityksensä pohjoiskarjalaiselle luonnolle on myöhään jatkuneella kaskeamisella. Erityisesti vaarojen ja vesistöjen kupeessa pitkään asutuilla seuduilla sijaitsevia viimeisiä arvokkaita koivikoita on saatu suojelunkin piiriin. Samoilla seuduilla on vielä rippeitä lajistollisesti arvokkaista perinteisen laidun- ja niittotalouden luomista avoimista elinympäristöistä. Näiden harvinaisten luontotyyppien ja arvokkaan lajiston turvaamisessa avainasemassa on perinteisen maankäytön jatkuminen, mitä pyritäänkin tukemaan.
Rupimanteri erityisvastuulla

Kuva: Ville Vuorio
Erittäin uhanalainen rupimanteri (ennen rupilisko) lisääntyy pienissä ja keskikokoisissa metsälammissa, joissa ei ole kaloja. Lähes kaikki rupimanterin noin 70 mannersuomalaista lisääntymislampea sijaitsevat Pohjois-Karjalassa: Joensuussa, Tohmajärvellä ja Kontiolahdella. Suurimman osan vuodesta rupimanteri viettää kuitenkin maalla. Valtaosa paikkauskollisten rupimanterien piilopaikoista löytyy 50 metrin säteellä lisääntymislammesta. Hyvä elinympäristö on lehti- tai sekametsää, mistä löytyy ravintoa ja suojapaikkoja kuten kivien, juurakoiden sekä puiden koloja ja onkaloita. Lajin talvehtiminen tapahtunee pitkälti samoissa rantametsiköissä, missä rupimanterit piileskelevät päivisin.
ELY-keskus on mm. LIFE- ja METSO-hankkeissa järjestänyt monenlaisia hoito- ja ennallistamistöitä rupimanterien elinympäristöjen laadun ja määrän parantamiseksi. Samalla kehitettiin yhdessä maanomistajien ja metsätalouden toimijoiden kanssa käytäntöjä, joilla lajille tärkeitä ja lainkin suojaamia lisääntymisalueita voidaan turvata ja tarvittaessa hoitaakin osana tilojen talousmetsien hoitoa.
Juurtokaisla – Joensuun seudun erikoisuus
Erittäin uhanalaista juurtokaislaa kasvaa Suomessa vain Pohjois-Karjalassa ja Kymenlaaksossa. Vielä 1950-luvulla lajia oli paikoitellen noin kymmenen kilometrin matkalla Pyhäselän pohjoisrannoilla sekä paikoin Pielisjoen suupuolella. Joensuun lisäksi lajia tavataan maakunnassa suppealla alueella Rääkkylässä.
Joensuun vanhastaan tunnettu esiintymisalue on supistunut merkittävästi toisaalta rantojen rehevöitymisen kiihdyttämän ruovikoitumisen sekä muun rantakasvillisuuden sulkeutumisen vuoksi ja toisaalta kasvupaikkoja voimakkaasti muuttaneen ranta-alueiden muokkauksen seurauksena.
Juurtokaisla viihtyy jokien ja järvien matalilla, usein hiekkaisilla tai hiesuisilla rannoilla. Runsaimmin sitä on yleensä tulvavyöhykkeen yläosan liejukkopinnoilla. Tulvarantojen pioneerilajille on tyypillistä, että kasvustojen paikat vaihtelevat.
Rantojen lievä muokkaus on monin paikoin paljastanut juurtokaislan vanhaa siemenpankkia. Myös tällä tavoin elpyneiden esiintymien säilymiselle on tärkeää, että rannat säästyvät mittavalta kaivamiselta tai pengertämiseltä ja pysyvät edelleen luonnollisen tulvavaikutuksen piirissä. Lajin sulkeutuneita esiintymispaikkoja voidaan myös hoitaa esimerkiksi tiheneviä järviruokokasvustoja hallitusti poistamalla.
Ukonhattu – lehtokeskuksen itäistä rehevyyttä
Keski-Karjalan lehtokeskuksessa tavataan muutamia levinneisyydeltään itäisiä kasviharvinaisuuksia, joista tunnetuin lienee oman lehtotyyppinsä nimilajiksikin päässyt lehtoukonhattu. Kukintavaiheessa jopa parimetriseksi venähtävää ja suurilehtistä lajia tavataan Suomessa alkuperäisenä vain Pohjois-Karjalassa; Kiteellä ja Tohmajärvellä.
Uhanalaisuudeltaan vaarantunut lehtoukonhattu viihtyy runsasravinteisissa, suhteellisen valoisissa kosteissa ja tuoreissa lehdoissa. Kasvupaikoilla on yleensä myös muuta vaateliasta ruoho- ja heinälajistoa sekä edustavia lehtopensastoja.
Suurin osa ukonhattulehdoista on suojeltu ja osa jäljellä olevista talousmetsien kasvupaikoista on metsälain tärkeitä elinympäristöjä. Lajia uhkaa edelleen kasvupaikkojen kuusettuminen sekä suojelukohteiden ulkopuolella esimerkiksi avohakkuut, purojen ja norojen perkaus sekä lehtokasvillisuutta muuttava maanpinnan käsittely. Ukonhatun yleensä pienialaisten esiintymien turvaaminen on kuitenkin mahdollista hyvän metsäsuunnittelun keinoin.