Hylkeisiin kohdistuvat paineet
Itämeren hyljekannat ovat kasvaneet 2000-luvulla, mikä johtuu pitkälti meriekosysteemin kokonaistilan paranemisesta ja erityisesti ympäristömyrkkykuormituksen pienenemisestä. Orgaanisten klooriyhdisteiden (PCB, DDT) väheneminen ravintoverkoissa näkyy suoraan parantuneena lisääntymisterveytenä erityisesti itämerennorpan osalta. Myös hylkeiden rauhoituksella kantojen romahduksen jälkeen on ollut merkityksensä kannan kasvun elpymiseen.
Asiantuntijoiden arvion mukaan hyljekantojen metsästys on arvioitu tällä hetkellä kestäväksi, metsästyksen vaikutus hyljekantojen edellyttää jatkotutkimusta. Vuosittain Suomessa ammutaan yli 300 hallia ja reilu 200 norppaa. Suurin osa halleista metsästetään Suomenlahdella, kun taas norppien metsästys on sallittua vain Perämerellä ja Merenkurkussa.
Halli- ja norppayksilöitä kuolee kalastuksen sivusaaliina vuosittain, mutta hukkuneiden yksilöiden ilmoitetut määrät ovat vain osa todellisesta sivusaaliista. Vuosina 2016-2021 sivusaaliiksi on ilmoitettu vuosittain 0–6 hallia ja 0–5 norppaa, mutta laskennalliset arviot ovat huomattavasti korkeammat.
Ilmaston lämpeneminen vaikeuttaa varsinkin norppien lisääntymistä
Ilmastonmuutos on nykyisin keskeisin paine erityisesti norpalle, joka on lisääntymisessään lähes täysin riippuvainen jää- ja lumipeitteestä. Heikot jäätalvet näkyvät Suomenlahdella ja Saaristomerellä, missä kantojen tila on heikko pitkälti juuri lisääntymisympäristön heikkenemisen takia. Jääolosuhteet ovat edelleen kohtuulliset Perämerellä, jonne jonkinasteinen jääpeite tulee ilmastoennusteiden mukaan myös leudoimpina talvina. Oletettavasti myös Perämerellä norppa tulee kärsimään heikkenevistä jääolosuhteista tulevaisuudessa.
Norpan lisääntymistä huonoissa jääolosuhteissa heikentää edelleen talvimerenkulku, joka rikkoo jääpeitettä myös väylien ulkopuolella. Tämä korostuu erityisesti itäisellä Suomenlahdella. Perämerellä puolestaan laaja tuulivoimarakentaminen voi toteutuessaan muodostaa uuden merkittävän paineen alueelle.
Halli ei ole lisääntymisen ja karvanvaihdon suhteen niin riippuvainen jäästä kuin norppa, mutta maalle poikiessa sen poikaset selviytyvät heikommin. Ilmastonmuutos vaikuttaa myös hylkeiden saalislajien laatuun ja lisää – lisääntyneen sadannan takia – mahdollisesti ympäristömyrkkyjen jokikuormitusta mereen.