Järvet ja joet
Vesienhoitoalueen järville tyypillisiä piirteitä ovat humuspitoisuus ja mataluus. Järvityyppien jakautumisessa on havaittavissa selviä alueellisia painotuksia. Runsashumuksiset järvet hallitsevat Pohjanmaalla, Pirkanmaan ja Satakunnan pohjoisosassa. Vähähumuksisia järviä on runsaasti Hämeessä ja Pirkanmaan itäosissa. Runsasravinteiset ja runsaskalkkiset järvet sijaitsevat pääasiassa Uskelanjoen, Kiskonjoen ja Perniönjoen valuma-alueella.
Vesienhoitoalueen jokivesille on tunnusomaista turvemaiden vaikutus Pohjanmaalla ja Satakunnan pohjoisosissa sekä savimaiden vaikutus Varsinais-Suomessa ja Satakunnan eteläosissa.
Rannikkovedet
Rannikkovesiin kuuluu Saaristomeri, Selkämeri, Merenkurkku sekä Perämeren eteläinen osa. Suolaisuuden muutokset ja maankohoaminen vaikuttaa alueen rannikkovesiin. Saaristomerellä tavataan lähes kaikki Suomen merialueella esiintyvät pohjaeläin- ja kalalajit. Selkämeren eliöstö on samankaltainen kuin Saaristomeren, mutta merilajien osuus vähenee pohjoista kohti. Merenkurkun alueella veden suolaisuus vähenee voimakkaasti (5,5 - 3 ‰) ja siksi Merenkurkku muodostaa monelle sekä meri- että makean veden lajille levinneisyysrajan. Perämeri on omaleimainen merialue, joka muistuttaa monilta osin järveä.
Pohjavedet
Läntisen vesienhoitoalueen runsaimmat pohjavesivarat sijaitsevat lajittuneilla sora- ja hiekkamailla Salpausselkien alueella ja Keski-Suomen reunamuodostumavyöhykkeissä sekä harjujen yhteydessä. Vesienhoitoalueella vedenhankinta perustuu harjumuodostumien pohjaveden käyttöön, mutta suurten kaupunkien (Turku, Tampere, Vaasa, Pori ja Hämeenlinna) vesihuolto perustuu pintaveteen tai tekopohjaveteen. Pohjavesivarat ovat alueella jakaantuneet epätasaisesti ja vedenhankinnan kannalta niukimmat pohjavesivarat on mm. Turun seudulla sekä Vaasan ja Seinäjoen alueilla. Läntisellä vesienhoitoalueella on käytössä yhteensä lähes neljännes arvioidusta muodostuvasta pohjavesimäärästä.