Vesienhoidon toimenpideohjelmassa on esitetty yksityiskohtaisemmin maakunnan vesistöjen ja pohjavesien nykytila ja tavoitteet vesienhoidolle vuosina 2016-2021. Toimenpideohjelmassa on tietoa muun muassa vesistöjen tilasta, kuormitus- ja muutostekijöistä, tilan parantamistavoitteista ja hyvän tilan saavuttamisen aikatauluista. Keskeinen osa toimenpideohjelmaa ovat sektorikohtaisesti esitetyt toimenpiteet hyvän tilan saavuttamiseksi. Toimenpideohjelmat on valmisteltu yhteistyössä alueen vesienhoidon yhteistyöryhmän kanssa.
Vuosien 2020-2015 vesienhoidon toimenpidetarpeet esitettiin vuonna 2010 julkaistussa toimenpideohjelmassa.