ELY-keskukset toimivat vesienhoidossa vastuullisina viranomaisina. Ne selvittävät alueellaan pinta- ja pohjavesien tilan ja arvioivat ihmistoiminnan vaikutukset vesistöihin, laativat vesien ekologisen tilan luokittelun sekä seuraavat vesien tilaa seurantaohjelmansa mukaan.
ELY-keskukset laativat myös toimenpideohjelmat, joita seuraten pyritään toteuttamaan vesienhoidon tavoitteet.
Vesien käyttäjät ja muut toimijat pääsevät osallistumaan vesienhoidon suunnitteluun alueellisissa yhteistyöryhmissä, joita ELY-keskukset koordinoivat. Vesienhoidon suunnittelun eri vaiheissa järjestetään lisäksi kuulemisia, joissa kaikki kansalaiset voivat antaa palautetta ELY-keskuksille.