Ympäristöhallinnon pintavesien seurannassa käytetyt biologisen seurannan yleisohjeet ovat käytössä aluehallinnossa (ELY-keskukset). Ohjeita tulee noudattaa myös vesien velvoitetarkkailussa, jotta seurannan ja tarkkailun menetelmät olisivat yhteneväiset. Menetelmien yhteneväisyys takaa aineiston laadun ekologisen luokituksen yhteydessä. Ekologinen luokitus on vesiensuojelutyön yksi tarkeä osa.
Yleisohjeiden lisäksi tältä sivulta on saatavissa maastossa käytetyt lomakkeet ja aineiston tallennuspohjat vesikasveille ja päällysleville, joille ei ole vielä olemassa tietojärjestelmää.
SYKE on laatinut myös ELY-keskusten käyttöön biologisten määritysten tarjouspyyntömenettelyyn yhtenäiset suositukset.
Pohjaeläinäytteenoton maastolomake täytetään ympäristöhallinnon pohjaeläinrekisterissä (Hertta-Pohje).