Satavesi-ohjelman yhteistyö ja aktiivinen vuorovaikutus keskittyvät vesistöalueryhmiin. Ohjelmakaudella 2017–2018 vesistöalueryhmissä painotetaan työpajatoimintaa konkreettisten vesienhoitotoimien edistämiseksi. Satavesi-ohjelmassa järjestetään myös erilaisia tapahtumia, kuten seminaareja ja teemapäiviä sekä tutustumiskäyntejä vesiensuojelu- ja kunnostuskohteisiin. Vesistöalueryhminä toimivat Karvianjoki-ryhmä, Kokemäenjoki-ryhmä ja Eurajoki-Lapinjoki-ryhmä, jotka käsittelevät myös Selkämeren rannikkovesien kysymyksiä.
Satavesi-yhteistyö tukee hankkeiden toteuttajia niin hankkeiden suunnitteluvaiheessa kuin toteutuksessakin. Hankkeita toteuttavia tahoja voivat olla esimerkiksi alueviranomaiset ym. alueelliset toimijat, kunnat, koulutus- ja tutkimuslaitokset, yritykset, yhdistykset ja yhteisöt.