Maataloustuotanto on monin tavoin kytköksissä ympäristökysymyksiin; ravinnehuuhtoumien lisäksi myös kuljetukset sekä jalostustoiminta vaikuttavat ympäristöön. Varsinais-Suomen ELY-keskus panostaa voimakkaasti ruokaketjun kehittämiseen. Lähi- ja luomuruoka ovat vahvistuvia trendejä. Lähellä tuotetun ruoan osuutta mm. julkisissa ruokahankinnoissa on jo pystytty lisäämään. Luomutuotanto on hyvässä kasvussa, vaikka sen osuus ei Varsinais-Suomessa ole suhteellisesti noussut yhtä vahvasti kuin monella muulla alueella Suomessa.