Poikkeusluvat ovat maksullisia ja maksut perustuvat vuosittain tarkistettuihin valtioneuvoston asetuksessa (1372/2018) määriteltyihin käsittelymaksuihin.
Luonnonsuojelua edistäviin tutkimuksiin myönnettävät poikkeukset ja luvat ovat maksuttomia. Peruutetusta tai täydentämättä jätetystä hakemuksesta peritään tehtyä työmäärää vastaava osuus maksusta. Myönteisestä ja kielteisestä päätöksestä peritään samansuuruinen maksu.